階層構造とは具体的にどのような状態になるのですか？

固定ページでは、親ページ、子ページの設定ができます。
これを階層構造と言います。

• 通常表示されているのは親ページのタイトルのみ表示
• そこをクリックすると、プルダウンで子ページが表示される

というように整理されるので、わかりやすくなります。

例えば、PCのデータを管理する際に、エクセル資料がずらりと並んでいるだけでは、どこに何があるかわかりにくく管理がしにくいですね。
テーマごとにフォルダを作って「会計資料はこのフォルダ」「顧客管理はこのフォルダ」と分けて整理されている方が多いと思います。これでいくと、フォルダが親ページ、エクセル資料が子ページ、という感じです。

サイト内がきちんと整理されているということは、クローラーもわかりやすいため、検索エンジン対策としてもよい状態です。

ページが多くなる場合には、上手に階層構造を利用するのが良いでしょう。